Skip to main content

Table 1 The specificity of Real-GP®, -GN®, and -CAN® real-time PCR assays for 62 bacterial and 25 fungal reference strains

From: Real-time PCR TaqMan assay for rapid screening of bloodstream infection

Genus Species Standard strains Real-time PCR TaqMan assay (CTvalue)
Real-GP® Real-GN® Real-CAN®
Gram-positive bacteria      
Staphylococcus S. aureus 29213 26.59 UD UD
  S. aureus 25923 28.42 UD UD
  S. xylosus 29971 20.81 UD UD
Enterococcus E. hirae 9790 26.31 UD UD
  E. raffinosus 49427 28.09 UD UD
  E. sulfureus 49903 28.40 UD UD
  E. durans 19432 23.48 UD UD
  E. casseliflavus 700327 25.98 UD UD
  E. faecium 19434 26.72 UD UD
  E. faecalis 29212 25.33 UD UD
  E. mundtii 43186 29.90 UD UD
  E. cecorum 43198 21.68 UD UD
  E. flavescens 49997 22.21 UD UD
  E. gallinarum 49573 23.88 UD UD
  E. faecalis 51299 24.10 UD UD
  E. solitarius 49428 30.44 UD UD
  E. faecium 35667 24.66 UD UD
  E. malodoratus 43197 27.02 UD UD
  E. saccharolyticus 43076 23.06 UD UD
  E. casseliflavus 25788 26.28 UD UD
Streptococcus S. pneumoniae 49619 21.11 UD UD
  S. agalactiae 13813 26.41 UD UD
Micrococcus M. luteus 49732 22.36 UD UD
Mycobacterium M. avium 25291 23.06 UD UD
  M. chelonae 35749 21.34 UD UD
  M. gastri 15754 23.90 UD UD
  M. kansasii 12478 22.17 UD UD
  M. nonchromogenicum 19530 18.31 UD UD
  M. phlei 11758 25.09 UD UD
  M. smegmatis 19420 24.40 UD UD
  M. triviale 23292 22.66 UD UD
  M. aurum 23366 24.83 UD UD
  M. farcinogen 35753 20.00 UD UD
  M. gilvum 43909 19.40 UD UD
  M. neoaurum 25795 17.83 UD UD
  M. parafortuitum 19686 19.06 UD UD
  M. peregrinum 14467 18.57 UD UD
  M. septicum 700731 23.47 UD UD
  M. abscessus 19977 21.73 UD UD
Gram-negative bacteria      
Escherichia E. coli 25922 UD 20.46 UD
  E. coli 35218 UD 17.90 UD
Enterobacter E. aerogenes 1304 UD 19.09 UD
Citrobacter C. freundii 6750 UD 14.19 UD
Shigella S. boydii DML 399 UD 25.59 UD
  S. dysenteriae DML 400 UD 18.38 UD
  S. flexneri 9199 UD 21.82 UD
Serratia S. liquifaciens 27952 UD 24.96 UD
Salmonella S. typhi 19430 UD 16.54 UD
  S. enteritidis 13076 UD 20.15 UD
  S. paratyphi 11511 UD 19.61 UD
  S. typhimurium 13311 UD 16.19 UD
  S. newport 6962 UD 17.22 UD
Klebsiella K. pneumoniae 13883 UD 20.60 UD
  K. oxytoca 700324 UD 21.87 UD
Proteus P. alcalifaciens 51902 UD 18.38 UD
  P. vulgaris 49132 UD 17.13 UD
  P. mirabilis 49132 UD 16.34 UD
Pseudomonas P. cepacia 25608 UD 19.66 UD
  P. aeruginosa 27853 UD 16.57 UD
Haemophilus H. influenzae 49247 UD 18.61 UD
Leclercia L. adecarboxylata 23216 UD 15.70 UD
Bordetella B. bronchiseptica 10580 UD 19.44 UD
Fungi      
Penicillium P. camemberti 58608 UD UD UD
  P. paneum KACC 44823 UD UD UD
Aspergillus A. oryzae var oryzae KACC 44847 UD UD UD
  A. oryzae var. effusus 1010 UD UD UD
  A. clavatus 66443 UD UD UD
  A. sydowii KACC 41869 UD UD UD
  A. fumigatus KCMF 10773 UD UD UD
  A. flavus KCMF 10777 UD UD UD
  A. tamari 20054 UD UD UD
Fusarium F. acuminatum 10466 UD UD UD
Aureobasidium A. pullulans KACC 41291 UD UD UD
Bipolaris B. sorokiniana KACC 44841 UD UD UD
Cryptococcus C. neoformans KCMF 20047 UD UD UD
Kodamea K. ohmeri KCMF 20430 UD UD UD
Saccaromyces S. cerevisiae KCMF 50427 UD UD UD
Trichophyton T. rubrum KCMF 10444 UD UD UD
  T. mentagrophytes KCMF 10515 UD UD UD
Microsporum M. canis KCMF 10531 UD UD UD
Epidermophyton E. floccosum 52063 UD UD UD
Malassezia M. furfur KCMF 20409 UD UD UD
Candida C. albicans 36802 UD UD 26.42
  C. tropicalis 14506 UD UD 25.98
  C. glabrata 38326 UD UD 17.09
  C. parapsilosis 7330 UD UD 24.27
  C. krusei 20298 UD UD 19.67
  1. Abbreviations: ATCC American type culture collection, DML Diagnostic Microbiology Laboratory, Biomedical laboratory science, Yonsei University; KACC Korean Agricultural Culture Collection; KCMF Korea Culture Collection Medical Fungi; UD Undetermined.