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Table 3 Summary of detection of AMR genes

From: A high prevalence of multi-drug resistant Gram-negative bacilli in a Nepali tertiary care hospital and associated widespread distribution of Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) and carbapenemase-encoding genes

Organisms

Genes

CTX-M1

CTX-M2

CTX-M8

CTX-M9

CTX-M25

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

E. coli

neg

612

85.4

717

100

302

42.0

714

99.3

710

98.7

pos

105

14.6

0

0

417

58.0

5

0.7

9

1.3

n.t.b

2

 

2

 

0

 

0

 

0

 

Enterobacter

neg

102

19.7

0

n.a

0

n.a

518

99.8

0

n.a

pos

417

80.3

0

n.a

0

n.a

1

0.2

0

n.a

n.t.b

1

 

520

 

520

 

1

 

520

 

Klebsiella

neg

119

22.6

527

100

525

99.6

524

99.4

521

98.9

pos

408

77.4

0

0

2

0.4

3

0.6

6

1.1

n.t.b

5

 

5

 

5

 

5

 

5

 

Acinetobacter

neg

368

98.9

372

100

372

100

372

100.0

372

100

pos

4

1.1

0

0

0

0

0

0.0

0

0

n.t.b

10

 

10

 

10

 

10

 

10

 

Organisms

Genes

OXA

OXA1_4_30

OXA23

OXA24

OXA48

OXA51

OXA58

 

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

E. coli

neg

450

62.6

0

n.a

0

n.a

0

n.a

715

99.4

0

n.a

0

n.a

pos

269

37.4

0

n.a

0

n.a

0

n.a

4

0.6

0

n.a

0

n.a

n.t.b

0

 

719

 

719

 

719

 

0

 

719

 

719

 

Enterobacter

neg

228

43.8

0

n.a

0

n.a

0

n.a

221

65.6

0

n.a

0

n.a

pos

292

56.2

0

n.a

0

n.a

0

n.a

116

34.4

0

n.a

0

n.a

n.t.b

0

 

520

 

520

 

520

   

520

 

520

 

Klebsiella

neg

174

32.8

0

n.a

0

n.a

0

n.a

475

89.5

0

n.a

0

n.a

pos

357

67.2

0

n.a

0

n.a

0

n.a

56

10.5

0

n.a

0

n.a

n.t.b

1

 

532

 

532

 

532

 

1

 

532

 

532

 

Acinetobacter

neg

0

n.a

342

91.9

238

64.0

363

97.6

0

n.a

154

41.4

357

96.0

pos

0

n.a

30

8.1

134

36.0

9

2.4

0

n.a

218

58.6

15

4.0

n.t.b

382

 

10

 

10

 

10

 

382

 

10

 

10

 

Organisms

Genes

IMP

KPC

NDM1

SHV

TEM

VIM

 

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

n

%a

E. coli

neg

577

99.7

719

100

681

94.7

719

100

71

9.9

578

99.8

pos

2

0.3

0

0.0

38

5.3

0

 

648

90.1

1

0.2

n.t.b

140

 

0

 

0

 

0

 

0

 

140

 

Enterobacter

neg

90

100

136

40.4

412

79.2

515

99.0

219

42.1

90

100

pos

0

0

201

59.6

108

20.8

5

1.0

301

57.9

0

0.0

n.t.b

183

 

183

 

0

 

0

 

0

 

430

 

Klebsiella

neg

100

100

509

95.9

414

78.0

415

78.2

199

37.5

100

100

pos

0

0

22

4.1

117

22.0

116

21.8

332

62.5

0

0.0

n.t.b

  

1

 

1

 

1

 

1

 

432

 

Acinetobacter

neg

0

n.a

0

n.a

303

79.3

361

97.0

300

78.5

0

n.a

pos

0

n.a

0

n.a

79

20.7

11

3.0

82

21.5

0

n.a

n.t.b

382

 

382

 

90

 

10

 

90

 

382

 
  1. aPercentage of positive or negative in all isolates tested for a particular gene
  2. bNot tested